Mặc dù nó đã được loại ra khỏi danh sách di sản thế giới bị đe dọa, nhưng khu dự trữ vẫn còn phải đối mặt với một vài mối đe dọa. Khai thác gỗ và phát triển tiếp tục là vấn đề chính, và tình hình càng trầm trọng hơn bởi một dân số ngày càng tăng từ khu vực nghèo của Honduras hoặc người tị nạn từ Nicaragua đã tới đây để khai thác gỗ và săn bắn bất hợp pháp.